В школе с 2003 года успешно работает класс органа и клавесина. Большой вклад в развитие класса внесла Анна Владимировна Карпенко – выпускница МГК им. П.И. Чайковского, Лауреат международных конкурсов. Учащиеся класса уже успели проявить себя на школьных и городских концертах, а также фестивалях и конкурсах, проходящих не только в Москве, но и в других городах.
Класс органа ведет Нина Евгеньевна Шубина. Нина Евгеньевна - выпускница дирижёрско-хорового факультета РАМ имени Гнесиных (класс Заслуженной артистки России, доцента Марии Афанасьевны Бондарь). В 2003 году закончила РАМ имени Гнесиных по специальности «Орган» в классе Заслуженного артиста России, профессора Александра Владимировича Фисейского. С 1996 по 2003 гг. – руководитель и органистка церковного хорового ансамбля Лютеранской церкви св. Петра при посольстве Латвии в Москве. В 2004 году Н. Е. Шубина начала преподавательскую деятельность в РАМ имени Гнесиных (курс «Гимнология»). С сентября 2008 года также является преподавателем по педагогической практике. С августа 2012 года Нина Евгеньевна – старший преподаватель Кафедры органа и клавесина. С сентября 2012 года сфера её педагогической деятельности расширилась за счёт дисциплин «Камерный ансамбль» и «Музыкальная педагогика в ДМШ».
В 2009 году Н.Е. Шубина прошла Курсы повышения квалификации работников культуры и искусства г.Москвы по теме: «Актуальные направления современной детской музыкальной педагогики. Обучение детей игре на органе».
Работу в ВУЗе Шубина Н.Е. совмещает с преподавательской деятельностью в ДШИ им. Н.Г. Рубинштейна.
Созданный в 2003-2004 гг. органный класс школы, за годы существования добился значительных результатов в деле пропаганды и приобщения подрастающего поколения к наследию органного искусства. Учащиеся постоянно выступают в городских и всероссийских фестивалях и конкурсах, имеют различные награды. Бубневич Олеся принимала участие в записи радиопередачи «5+» на «Радио России».
В школе есть два цифровых классических электрооргана, находящихся в концертных залах - орган фирмы Johannus и орган Jubilate фирмы Viscount.
Богомолов Данила Владимирович - преподаватель по классу клавесина.
В класс клавесина принимаются дети от 6,5 до 9 лет (на бюджетной основе), а также взрослые (на платной основе).
